Obiettivi formativi
Lo studente imparerà: (i) obiettivi principali di uno studio di metagenomica; (ii) tecniche e tecnologie per lo studio dei metagenomi; (iii) ruolo dei microbioti nei sistemi alimentari
Contenuti dell'insegnamento
1. Introduzione generale allo studio dei metagenomi: metagenomica, ecosistemi microbici e microbiomi definizione, importanza e applicazioni; aspetti tecnici e goals di uno studio di metagenomica, tipologie di studi di metagenomca, tecniche di sequenziamento di nuova generazione (NGS).
2. NGS sequencing: campionamento, estrazione di DNA, preparazione delle libraries di sequenziamento e multiplexing; approcci di marker gene e shotgun metagenome.
3. Principi di analisi bioinformatica: demultiplexing, filtraggio e mappaggio delle sequenze, ricostruzione dei contigues, assegnazione su database di riferimento, statistica multivariata
4. Microbioti nei sistemi alimentari: microbioti negli attori di filiera e significato per la sicurezza, produttività e qualità dei sistemi alimentari
Bibliografia
Appunti e pubblicazioni scientifiche
Altre informazioni
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