Obiettivi formativi
L’insegnamento intende fornire un approccio multidisciplinare (genomico, ecologico e bioinformatico) allo studio della biodiversità e all’analisi delle comunità microbiche.
Al termine del corso lo studente avrà acquisito le conoscenze di base inerenti lo studio di ecosistemi microbici. In particolare avrà avuto modo di conoscere le principali tecniche colturali e molecolari per l'identificazione dei microrganismi, i metodi dell’analisi filogenetica, i principi delle tecnologie omiche applicate alla descrizione delle comunità microbiche nonché i metodi per lo studio delle loro attività funzionali.
Prerequisiti
nessuno
Contenuti dell'insegnamento
metodi per la descrizione e l'analisi delle comunità microbiche (microbiologici classici e molecolari)
Programma esteso
TECNICHE DI STUDIO DELLE COMUNITÀ MICROBICHE
Metodi tradizionali di analisi basati sulla coltivazione in coltura pura: isolamento e identificazione delle specie microbiche, metodi di identificazione biochimica, metodi sierologici di identificazione e caratterizzazione.
Metodi molecolari per l'identificazione, la tipizzazione e la caratterizzazione applicati ai microrganismi isolati in coltura pura: PCR, analisi mediante elettroforesi su gel di agarosio, clonaggio, sequenziamento, analisi RAPD, rep-PCR, ARDRA, RISA, ARISA etc. Real-time PCR.
Applicazione delle tecniche molecolari allo studio comunità microbiche, senza coltivazione dei microrganismi: isolamento di DNA ambientale, tecniche di fingerprinting genetico ARDRA, SSCP,T-RFLP, DGGE, RISA, LH-PCR, RAPD. Tecniche di sequenziamento massivo e loro applicazione allo studio di comunità microbiche. DNA/RNA Stable isotope probing. Ibridazione fluorescente in situ (FISH CARD-FISH, Raman-FISH, NanoSIMS). Microarray
Bibliografia
Letteratura scientifica, capitoli di libri e materiale fornito dal docente
Metodi didattici
Lezioni e lavoro in classe (seminari, discussione di articoli scientifici sulle diverse applicazioni dei metodi descritti). Lo studente dovrà acquisire una certa familiarità con i più moderni metodi di analisi delle comunità microbiche per poter leggere in modo critico articoli scientifici sull'argomento e per essere in grado valutare, attraverso queste analisi, gli impatti sulle comunità derivanti da fattori esterni (inquinamento, variazioni climatiche, attività antropiche di vario genere, etc)
Modalità verifica apprendimento
Esame orale nel quale dimostrare di aver appreso i diversi metodi di analisi delle comunità microbiche e come applicarli. Lo studente deve dimostrare di saper leggere, in modo critico, un articolo sull'argomento.
Altre informazioni
no
